อินาโมโตะเริ่มเล่นฟุตบอลตั้งแต่ระดับเยาวชนกับกัมบะ โอซากะก่อนจะเซ็นสัญญาอาชีพในปี 1997 และเริ่มมีชื่อเสียงในวงกว้างเมื่อได้เซ็นสัญญากับอาร์เซนอลในพรีเมียร์ลีกของอังกฤษในปี 2001

อินาโมโตะยิงได้ 2 ประตูในรายการฟุตบอลโลก 2002 แต่ก็ไม่เพียงพอที่จะทำให้อาร์เซนอลเก็บตัวเอาไว้ และได้ปล่อยตัวออกมาก่อนที่ฤดูกาลต่อมาจะเริ่ม[2] หลังจากนั้น อินาโมโตะได้เซ็นสัญญากับทางฟูลัมด้วยสัญญายืมตัวระยะยาวจากกัมบะ โอซากะ[3] และเมื่อเริ่มปรับตัวเข้ากับการค้าแข้งที่ลอนดอนได้ มีชื่อเสียงด้านการเข้าบอลที่หนัก และมีสายตาที่แหลมคม อินาโมโตะเริ่มมีชื่อเสียงมากขึ้นเมื่อทำได้ถึง 4 ประตูในการเจอกับสโมสรโบโลญญาในศึก Intertoto Cup โดยสามารถทำแฮตทริกได้ด้วย นอกจากนั้นยังยิงประตูให้ฟูลัมในการเจอกับ ทอตนัมฮอตสเปอร์ ซันเดอร์แลนด์ มิดเดิลส์เบรอ และ แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดในเกมพรีเมียร์ลีก และเอฟเวอร์ตันในเอฟเอคัพ จนกลายเป็นดาวเด่นในวงการฟุตบอลญี่ปุ่น แต่เมื่อโชคร้ายกระดูกแข้งหักในเกมอุ่นเครื่องกับทีมชาติอังกฤษ อินาโมโตะจึงต้องเดินทางกลับกัมบะ โอซากะ แม้ฟูลัมต้องการจะเซ็นสัญญาอีกครั้ง แต่สโมสรไม่แน่ใจว่าอินาโมโตะจะสลัดอาการบาดเจ็บได้เป็นปลิดทิ้งหรือไม่ จึงตัดสินใจไม่เซ็นสัญญา[4][5]

ในที่สุด อินาโมโตะได้เซ็นสัญญากับเวสต์บรอมมิชอัลเบียนด้ยค่าตัวเพียง 200,000 ปอนด์ แต่จะได้รับค่าจ้างก็ต่อเมื่อได้ลงสนามเท่านั้น[6] อย่างไรก็ตาม เมื่อแกรี เม็กสัน ผู้จัดการทีมได้โบกมือลาไป ไบรอัน ร็อบสัน ที่เข้ามาแทนนั้นก็ไม่ค่อยมั่นใจในความสามารถของอินาโมโตะ จึงได้ปล่อยให้คาร์ดิฟฟ์ซิตียืมตัวในช่วงหลังของฤดูกาล 2004-05[7] และทำผลานได้ประทับใจจนกระทั่งเวสต์บรอมมิชอัลเบียนเรียกตัวกลับมาเพื่อให้อยู่รอดในพรีเมียร์ลีก จนในฤดูกาล 2005-06 อินาโมโตะได้ลงสนามอย่างสม่ำเสมอให้กับเวสต์บรอมฯ จนมีชื่อติดทีมชาติญี่ปุ่นลุยศึกฟุตบอลโลก 2006 และเป็นนักเตะคนแรกของเวสต์บรอมฯ ในรอบ 20 ปีที่ได้ลงเล่นรายการนี้

เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2006 อินาโมโตะได้เซ็นสัญญาสองปีกับกาลาทาซาไร[8] และเมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2007 ได้มีการประกาศว่าอินาโมโตะได้ร่วมทัพกับไอน์ทรัคท์ฟรังค์ฟวร์ทแบบไร้ค่าตัว[9] โดยได้ผนึกกำลังกับนาโอฮิโระ ทากาฮาระ รุ่นน้องในทีมชาติ แต่ได้ถูกปล่อยตัวเมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2009 ในวัย 29 ปี

เมื่อวันที่ 19 มิถุนายน 2009 อินาโมโตะย้ายไปค้าแข้งกับสโมสรแรนในลีกเอิง ฝรั่งเศส[10] ก่อนที่จะย้ายกลับมาค้าแข้งที่ญี่ปุ่นอีกครั้งกับ คาวาซากิ ฟรอนตาเล ในวันที่ 11 มกราคม 2010 และเมื่อปี 2015 ได้ย้ายมาเล่นให้กับคอนซาโดเล ซัปโปโระ